Selejtezőforduló (2006. december 07-10.)
A négy kiemelt kivételével, a többi induló csapatot négy csoportba osztják, ahonnan az 1., 2. és 3.helyezettek jutnak tovább a BEK főtáblájára, míg a 4.helyezettek a LEN-kupa főtáblájára jutnak.

A csoport: (Porto)
CF Portuense (portugál), Uralocska (orosz), BZC Brandenburg (holland), Bayer Ürdingen (német)

B csoport: (Nizza)
Olympic Nice (francia), ANC Glyfada (görög), CN Alcorcon (spanyol), PVK Vrutki (szlovák), Liverpool (brit)

C csoport: (Fiorentina)
Fiorentina (olasz), ASPTT Nancy (francia), Donk Gouda (holland), SM Zürich (svájci)

D csoport: (Dunaújváros)
Dunaújváros (magyar), Bochum (német), CN Sabadell (spanyol), Sheffield (brit), Strakonice (cseh)

Főtábla, csoportmeccsek (2007. január 12-14.)
A 4 kiemelt csapat (Domino, Vouliagmeni, Catania, Kirisi) mellé csatlakozik a selejtezőből ebbe a körbe bejutott 12 csapat. Ezt a 16 csapatot újfent négy csoportba osztják, ahonnan a csoportok első két helyezettjei jutnak tovább a BEK elődöntőjébe.

E csoport: (Nizza)
Olympic Nice (francia), Domino (magyar), Fiorentina WPC (olasz), BZC Brandemburg (holland)

F csoport: (Alcorcon)
Alcorcon Madrid (spanyol), CN Sabadell (spanyol), Geymonat Orizzonte Catania (olasz), Uralochka Zlatoust (orosz)

G csoport: (Dunaújváros)
Dunaújváros (magyar), Vouliagmeni NC (görög), Widex Donk Gouda (holland), Bayer Uerdingen (német)

H csoport: (Nancy)
ASPTT Nancy (francia), Kinef Kirishi (orosz), ANC Glyfada (görög), Blau Weiss Bochum (német)

Elődöntő (2007. február 02-04.)
A továbbjutott 8 csapatot két négycsapatos csoportba osztják, ahonnan a csoportok első két helyezettjei jutnak tovább a BEK négyesdöntőjébe.

Döntő, négyes torna (2007. április 20-22.)
A BEK négyesdöntőjében körmérkőzéses alapont döntenek a kupa sorsáról.